2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子电话另一头卫凤娇沉吟了片刻，回复道：半年的假期很长，那么长的时间里，你不在，我们卫府会有危险，除非你答应连星主边昌和首相陆明仁也杀了。那样的话，我可以做主批准你这个假期。的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子召集巴特、陀古萨等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病䓯正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面
